Upaya mengembangkan budaya positif dan toleransi beragama terus diintensifkan di Smansado. Setiap hari akan terdengar doa lewat pengeras suara di setiap kelas. Doa sebelum belajar di pagi hari dan sesudah belajar menjelang pulang. Doa tersebut dibacakan secara bergantian oleh 3 siswa dalam agama masing-masing yaitu Islam, Kristen dan Buddha. Setiap hari akan berganti siswa yang memimpin doa.
Sejak Masa Pengenalan Lingkungan Sekolah (MPLS) kegiatan doa bersama ini sudah berjalan dan akan terus dibiasakan. Tujuan kegiatan doa bersama ini adalah untuk memupuk karakter siswa sebagai umat beragama. Selain itu untuk selalu memelihara sikap toleransi antar warga sekolah.